La Fundación, en aras de cumplir con su función asignada por la Universidad de Costa Rica, se estructura en los siguientes órganos administrativos:
Asamblea general
La Fundación UCR con una Asamblea General, establecida en su Acta Constitutiva que se cuenta. Está constituida por el Consejo de Rectoría, el Fundador, los como Coordinadores como De las áreas Académicas de la Universidad de Costa Rica, el (la) Decano (a) del Sistema de Estudios de Posgrado y poros (como) que se quens propuesto por la Asamblea General y operadores por la Junta Administradora. Le brinda a la Junta Administradora orientación en materia de políticas, áreas de desarrollo, proponentes mecanismos para el buen funcionamiento de la Fundación.
Junta Administrativa
La Fundación UCR está dirigida por una Junta Administrativa, que es el máximo órgano de toma de decisiones de la fundación. Para garantizar que su ópera corresponda con los intereses de la Universidad de Costa Rica, está integrada por los titulares de la Vicerrectoría de Investigación, Docencia y Acción Social de la Universidad de Costa Rica, como por un (a) representante de la Municipalidad de Montes de Oca y un (a) representante del Poder Ejecutivo, de acuerdo con la Ley de Fundaciones. En la actualidad se encuentra integrada por los siguientes miembros:
Presidenta
Tesorera
Secretario
Representante del Poder Ejecutivo
M.Sc. Jeanina Umaña Aguiar
Representante de la Municipalidad de Montes de Oca
Sr. José Rafael Quesada Jiménez
Delegado (a) Ejecutivo (a)
La Junta Administradora tóleo al Delegado (a) Ejecutivo (a), la cuenta con facultades de apoderado (a) general sin límite de suma para a La Fundación UCR. Ejecuta las directrices y políticas emanadas por este órgano, dirección, control y vigilancia de los servicios de la Fundación, vela por el convenio de cumplimientos y compromisos y además de que procede y cumplimiento de los objetivos estratégicos de corto, mediano y largo. En la actualidad que se le carga:
Delegado Ejecutivo
MAG. Jose Alberto Moya Segura
Fiscalía
Con el propósito de la transparencia y la rendición de cuentas se hacer en una Fiscalía, conformada por tres profesionales, en los campos de las Ciencias Económicas y Derecho. La Fiscalía inicia su operación en 2003. Actualmente es una carga de las siguientes personas:
Fiscales:
Dr. Luis Zárate Montero
Mba. Carlos Castro Umaña
M.Sc. Maríano Jiménez Zeledón
Auditoría
La Junta designa un Auditor Interno con el fin de la idoneidad de los mecanismos de control. Actualmente es una carga de:
Auditor Interno:
Erick Morales Huertas Adicionalmente las operaciones de la Fundación son de una Auditoría Externa anualmente, informando se presenta a la Junta Administrativa, la Asamblea General y la Contraloría General de la República.